Az előző bejegyzésben beszámoltam a DNS izolálás lépéseiről. A mai alkalommal a molekuláris azonosításhoz szükséges következő lépésről, vagyis a PCR reakcióról szeretnék írni. 

Az Aspergillus fajok elkülönítésére különböző módszerek léteznek, de pusztán morfológiai karakterek alapján a pontos meghatározásuk csak néhány faj esetén lehetséges. Molekuláris módszerekkel a fajok meghatározása biztosabb. Az Aspergillus fajok esetén a β-tubulin vagy kalmodulin gének szekvenciái megfelelőnek bizonyultak a fajszintű elkülönítéshez.

A PCR, vagyis a polimeráz láncreakció ma a legelterjedtebb módszer a fajok azonosításában. A PCR lényege, hogy egy fajspecifikus DNS szakaszt a megfelelő körülmények és indítószekvenciák (primer) segítségével nagy mennyiségben fel lehet szaporítani.

A reakció során az első lépés a denaturáció. Általában 94-95 °C-on történik, ekkor ugyanis a kettős szálú DNS szálai szétválnak. Ebben a lépésben a DNS-szálat összekötő hidrogén kötések felbomlanak. Ezt általában egy hosszabb (kb 4 perc) elő-denaturációs lépés is megelőzi.   

A második lépés az annealing, vagyis kapcsolódási fázis. Ekkor a hőmérsékletet a primertől függően csökkentik, ez általában a primer olvadási hőmérsékletétől 5 °C-al alacsonyabb. Ebben a lépésben a primerek hozzá tudnak kapcsolódni a DNS-szálhoz.

Végül a DNS-polimeráz meghosszabbítja a kívánt szakaszt a kapcsolódott primertől kezdődően. A szintetizálás során a szülő nukleinsav szál szolgál templátként a leány szál szintéziséhez.

Ezek után általában 35 ciklusban megismételjük a fentebb említett lépéseket ( denaturáció, annealing, polimerizáció). És a reakciót egy úgynevezett utó-polimerizációs lépés követi.

Az alábbi ábrán láthatók az egyes lépések. Forrás: http://en.wikipedia.org/wiki/Polymerase_chain_reaction